故事发生在东京八丈岛近海,这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前,为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时,一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…回忆总是美好的,但现实却往往残酷。
另一方面,柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时,柯南接到来自冲矢昂(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相,柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中,进入设施内部。之后,在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内,发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架,而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。
海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边,也正有黑影在悄悄靠近……